分子篩凈化流程的空分設備，由于空氣經分子篩吸附除去了水分和二氧化碳等雜質，與切換凈化流程相比，啟動操作簡單容易控制。它不需要考慮諸如水分和二氧化碳的自清除，膨脹機內水分和二氧化碳析出等復雜影響，啟動過程的注意力主要集中在充分發揮膨脹機的制冷能力，合理分配冷量，全面冷卻設備上。可分為冷卻設備，積累液體，調整精餾工況三個階段。與切換流程的啟動方式相比，它可稱做“全面冷卻法”或“一次冷卻法”。
在啟動操作時應注意以下幾點：
1)首次使用的分子篩要進行一次活化再生，目的是清除運輸和充填過程吸附的水分和二氧化碳。活化的溫度一般應高于200℃，低于250℃。當出口溫度達80℃時就可冷吹。活化時間不少于兩個切換周期；
2)分子篩吸附器啟動時送氣升壓過程要緩慢，放空閥關小時要謹慎，防止因壓力波動而破壞床層內的分子篩；
3)需要啟動兩臺膨脹機時，要全開增壓機的出口回流閥，將先運轉的膨脹機的壓力降下來，然后兩臺膨脹機同時加負荷，防止后啟動的增壓機發生喘振；
4)注意主換熱器中部溫度的控制：
①控制單元間的中部溫差，一般不大于3～5℃；
②中部溫度不宜過低，冷量不要過多集中在主換熱器，造成熱端溫差增大。在冷端溫度達到空氣液化溫度后，冷量應向精餾系統轉移，使精餾系統充分冷卻，盡快積累液體，建立精餾；
5)注意空氣冷卻塔的工作，確保預冷后的空氣溫度達到設計要求。要防止壓力和水位波動，以免空氣帶水，影響分子篩的性能。