分子篩凈化系統的凈化效果的好壞，影響到裝置的運轉周期。對相同的設備，如果操作不當也可能影響凈化效果。在操作時應注意以下問題：
1)對分子篩吸附器的安裝要求：要認真檢查上、下篩網有無破損，固定是否牢固；分子篩是否充填滿，并且扒平；認真封好內、外筒人孔，防止相互竄氣；
2)分子篩吸附器在運行時，要定期監視分子篩溫度曲線和出口二氧化碳的含量，以判斷吸附器的工作是否正常；
3)要密切監視吸附器的切換程序、切換壓差是否正常。如遇故障，要及時處理；
4)要密切注意冷凍機的運行是否正常。如遇短期故障，造成空氣出口溫度升高時，應及時縮短吸附器的切換周期，并及時排除故障；
5)空壓機啟動升壓時，應緩慢進行，防止空氣氣速過大。向低溫系統充氣，或系統增加負荷(啟動膨脹機、開啟節流閥等)時，要緩慢進行，防止系統壓力波動；
6)空分設備停車時，應立即關閉吸附器后空氣總閥，以免再啟動時氣流速度過大而沖擊分子篩床層。