空分設備在兩次大加熱之間的運轉周期長短與很多因素有關，從操作的角度，主要取決于主換熱器的空氣通道何時被堵塞。而堵塞的主要原因是進裝置的空氣中的水分、二氧化碳的含量超標(對水分要求露點低于-65℃，二氧化碳含量小于1×10-6)，在主換熱器內積累、凍結，直至堵塞。
分子篩凈化系統操作不正常，會縮短裝置的運轉周期。主要由以下幾方面原因引起的：
1)分子篩吸附器床層短路。在開車過程中由于空氣氣速控制不穩，或切換時兩罐壓差過大，會對床層產生沖擊，使分子篩床層凹凸不平，造成床層短路。嚴重時會將吸附器的防塵網沖破，將分子篩粉末帶進換熱器通道，造成堵塞；
2)噴淋冷卻塔帶水。空氣通過噴淋冷卻塔的氣速過大，將水霧帶進吸附器，使吸附器清除水的負荷大大增加，出口空氣中的水分、二氧化碳的含量超標，帶入主熱交換器而產生凍結，使阻力增大。如果是冷段的阻力增大，則是二氧化碳凍結；如果是熱段阻力增大，則是水分凍結；整個換熱器阻力增大，則二者都凍結，或是分子篩粉末堵塞；
3)冷凍機工作不正常，造成冷凍水溫度升高，空氣不能冷卻到正常的溫度。一方面使得空氣離開噴淋塔時的飽和水含量增加；另一方面使得分子篩的吸附能力下降；
4)噴淋塔斷水或水位過高，將造成分子篩吸附器溫度升高，或產生帶水事故。